Mai putini stiu ca Rogozin a fost implicat direct in conflictul transnistrean, asa cum o recunoaste chiar dansul in cartea sa „Dusmanul poporului”. In ea, Rogozin sustine ca a luptat cu arma in mana in razboiul din Transnistria, in 1992, impotriva moldovenilor si a ceea ce el numeste „fascistii romani”. De altfel, dupa conflictul transnistrean, Dmitri Rogozin s-a implicat in politica rusa. In 1997 devine membru al Dumei de Stat, tot atunci a inaintat o initiativa legislativa privind alipirea Transnistriei la Federatia Rusa.
Vizitele sale in Republica Moldova au generat de fiecare data controverse. In calitate de co-presedinte al comisiei guvernamentale moldo-ruse el nu a ezitat sa transmita cu orice ocazii mesaje controversate autoritatilor moldovene.
Rogozin a pledat mereu pentru o apropiere mai mare a Moldovei de Rusia, a criticat curentul unionist din Moldova si nu s-a sfiit sa ameninte autoritatile de la Chisinau cand acestea negociau Acordul de Asociere cu UE.
„Speram sa nu inghetati la iarna”, a spus el la Chisinau, in timpul unei vizite din ajunul summit-ului Parteneriatului Estic de la Vilnius, la care a fost parafat acest acord, sugerand dependenta energetica a Republicii Moldova fata de Rusia.
„In virajele sale europene abrupte si serioase, partea moldoveneasca n-ar trebui sa desprinda de la locomotiva unele vagoane”, a mai atentionat Rogozin atunci Chisinaul, facand aluzie la regiunea transnistreana.
La scurt timp, Federatia Rusa a anuntat embargo la vinurile moldovenesti, iar mai tarziu si la alte produse agroalimentare din Moldova.