În anul 2000, finalizarea reformei initiate de deputati pentru schimbarea regimului semiprezidential în unul parlamentar a fost împiedicata de Partidul Comunistilor, care, în plus, au blocat si alegerea sefului statului, provocînd alegeri anticipate. Ulterior au fost noua tentative de alegere a Presedintelui, din care doar doua au avut finalitate, dar cu urmari dramatice pentru unele forte politice.
Pornind de la aceasta, PNL si-a modificat Programul la Congresul al III-lea, optînd pentru eliminarea institutiei Presedintiei, pentru un Parlament pluralist si un prim-ministru cu suficiente împuterniciri.
Avînd, însa, o Constitutie ce prevede alegerea în Legislativ a Presedintelui statului, PNL pledeaza pentru definitivarea reformei constitutionale, pentru o republica autentic parlamentara. Totodata, norma constitutionala de alegere cu 61 de voturi a a sefului statului si-a demonstrat inaplicabilitatea într-o societate puternic divizata pe orientarea geopolitica de dezvoltare, fapt confirmat de multiplele tentative esuate. Acest fapt împiedica efectuarea reformelor institutionale, menite sa scoata cel de-al doilea stat românesc din criza economica, politica, precum si de pe orbita ruseasca. Plecînd si de la practica altor tari europene, PNL sprijina decizia politica a AIE privind desfasurarea unui referendum pentru reducerea numarului de voturi prin care sa fie ales Presedintele, dupa cîteva încercari. Se vor evita crizele politice, constitutionale, de care avem parte continuu în ultimii trei ani. Coborîrea pragului de voturi necesare pîna la 51 de voturi ar face posibila votarea unui Presedinte proromân, proeuropean al Republicii Moldova, si nu a unui prorus.
Totodata, PNL considera oportune si alte ajustari ale Legii Fundamentale, pentru reducerea atributiilor Presedintelui, în sensul unei functii reprezentative, fara prerogativa stabilirii politicii externe si înaintarii de initiative legislative, dar în conditiile unui Parlament pluralist si ale unui premier învestit cu putere. De asemenea, seful statului trebuie sa desemneze ca prim-ministru doar persoana asupra careia a convenit o coalitie majoritara constituita si sa nu aiba dreptul de a demite ministri.PNL apreciaza ca foarte negativa si nedemna de repetat experienta politica de existenta a Republicii Moldova in conditiile unei republici semiprezidentiale.
PNL considera ca un referendum pentru asigurarea aplicabilitatii normelor constitutionale este consecinta implicarii nefaste, în trecut, a Partidului Comunistilor în deciziile majore privind organizarea statala si politica. Tocmai de aceea, PNL nu va fi niciodata alaturi de PCRM si de aliatii acestuia – fie de pe stînga, fie de pe dreapta, care intentioneaza sa declanseze proteste de proportii si de durata pentru dizolvarea Parlamentului, fixarea alegerilor parlamentare anticipate si împiedicarea desfasurarii referendumului. PNL nu doreste la Putere comunisti sau coalitii procomuniste si considera ca puterea Aliantei rezida în unitatea sa. PNL a avut numeroase luari de atitudine foarte critice fata de AIE-2, ceea ce nu înseamna, însa, ca o coalitie incluzînd comunisti ar fi o alternativa la putere în Republica Moldova.
PNL îndeamna partidele din AIE sa se implice serios în pregatirea, promovarea si desfasurarea referendumului, pentru a se evita un esec similar celui din 5 septembrie 2010. Daca toate componentele Aliantei au acceptat sincer si responsabil decizia privind un referendum constitutional, faptul impune implicarea cu demnitate civica si politica a tuturor celor de care depinde desfasurarea acestuia.